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      LI-6800數據分析 | 文章的圖形和照片的拼接也可以用 R 啦

      來源:北京力高泰科技有限公司 發布時間:2021-09-01 15:27:54 點擊數:488 使用提問 咨詢價格

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      LI-6800高級光合-熒光測量系統

      在文章中難免有太多需要拼圖的地方,例如作圖的時候直接將幾幅圖拼在一起,這種方式的拼圖比較好處理,有大量的軟件包做這個事情,例如優秀的 patchwork,還有一種就是實驗的拍照,需要拼圖,或者拍照和作圖拼在一起,這種方式我們通常都手動處理,實際上,現在在 R 里也有解決方案了,那就是今天要介紹的 figpatch 軟件包,與 patchwork 是絕配。

      安裝

      安裝很簡單,從 CRAN 即可,現在 github 不是那么好用:

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      要使用還是必須進行一如既往的操作:

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      使用

      我這里使用兩次 RACiR 測量的數據,因為這兩個數據來源于水稻,所以我網上隨便找了兩個水稻的圖片,當做兩次測量的植株處理。

      先將數據讀入:

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      后面簡化操作步驟,用 ggplot2 默認的 loess 方式擬合一下數據,不再進行一個非線性擬合后在寫入公式。

      與作圖數據進行拼圖

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      實際上測量時水稻是種在溫室里相鄰的兩個水池內,長勢也一致,這里只是作為演示用,所以不要誤會。

      拼圖時圖形我們可以設置長寬比,方便我們調整圖形的外觀,例如下面三個例子:

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      標簽

      作為標準的科研圖形,加標簽很重要:

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      拼接照片

      拼接照片也很方便:

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      拼接多個圖片

      如果有大量的圖片,可以先把他們拼接成向量或列表,以及利用相關參數調整邊距等

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      添加特定文本

      figpatch 實際上是對圖片進行 ggplot2 包裹,他的 fig() 實際上是 ggplot 對象,labels則是坐標軸 (x 或 y)。因而可以根據這個來定制特定文本的顯示。

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      參考資料

      https://github.com/bradyajohnston/figpatch

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